La grabación de El Eternauta tuvo lugar completamente en exteriores y locaciones de estudio de Buenos Aires y sus alrededores. Se emplearon 35 lugares reales y 25 escenarios digitales especialmente diseñados para sumergir al espectador en un mundo devastado. El rodaje involucró más de 150 profesionales, incluyendo técnicos y artistas, bajo la supervisión de ocho productores.

El equipo de producción hizo un arduo trabajo para transformar diferentes barrios de Buenos Aires en un escenario postapocalíptico. Zonas como Avenida General Paz, Saavedra y áreas cercanas fueron utilizadas para crear la atmósfera de destrucción que caracteriza la serie. La utilización de efectos digitales permitió completar la visión de una ciudad sumida en el caos y la desolación.